В 1900-1904 г. По проекту П. П. Малиновского в Сормове возводится Спасо-Преображенский собор П.П. Малиновский вел активную революционную деятельность и состоял под гласным надзором полиции, о чем свидетельствуют донесения жандармов. В 1904 г. он стал членом фракции большевиков РСДРП, а в период революции 1905-1907 гг. активно участвовал в деятельности партии. Вместе с ним работала и его жена Елена Константиновна, член партии с 1905 г., часто квартира Малиновских использовалась для подпольных собраний большевиков. Супруги принимали участие в организации забастовки печатников и подготовке вооруженного восстания в конце 1905 г. Дважды в 1907 г. - на даче Малиновских и в п. Юрино, где Павел Петрович работал над реставрацией замка Шереметевых, черносотенцы готовили на него покушения, но архитектору удалось спастись. Политическая деятельность привела к потере постоянной службы, за Малиновскими была усилена полицейская слежка. Все это заставило их покинуть родной город.
В 1908 году переехал в Москву. Работал помощником архитектора
М. К. Геппенера, участвовал в строительстве сооружений
московского трамвая. После октябрьской революции в 1917-1919 гг. возглавлял комиссию Моссовета по охране памятников искусства и старины, работал гражданским комиссаром
Кремля. В 1918 году исполнял обязанности наркома государственных имуществ Республики.
С 1921 года работал в
Госплане, затем в различных строительных организациях, возглавлял Управление городского и сельского строительства Комгосоора. В конце 1920-х — начале 1930-х годов состоял в комиссии по стандартизации Совета Труда и Обороны, где занимался выработкой общесоюзных норм и технических условий строительного проектирования.
Скончался П. П. Малиновский в Москве в 1943 году, на один год пережив свою супругу, которая скончалась в 1942 году в Куйбышеве, куда она была эвакуирована вместе с Большим театром.